A Palermo, il sacerdote don Pino Puglisi,interpretato da Luca Zingaretti, si accorge ben presto di una dura verità: i bambini della zona sono coinvolti nella mafia e molti hanno dei genitori mafiosi. Il sacerdote cerca quindi di cambiare la situazione, invitandoli ad andare a scuola, in chiesa e a non rubare. Benché ai ragazzi piaccia andare a trovare Don Puglisi in parrocchia, dove spesso trascorrono il loro tempo spensierati, giocando per esempio a calcio, i genitori sembrano non gradire gli insegnamenti del prete: per esempio, a un ragazzino di nome Domenico viene impedito di frequentare la parrocchia, e quando disubbidisce viene frustato dal padre. Don Puglisi manda dei messaggi chiari ai mafiosi di Palermo, facendo dei discorsi nella piazzetta della chiesa, ma non viene ascoltato. Chiede ai cosiddetti uomini d'onore di presentarsi "alla luce del sole" e di non agire nell'ombra.
Esponendosi in prima persona, Don Puglisi si rende presto conto che la sua vita è in pericolo. Viene assassinato per la strada da un gruppo di mafiosi che lo hanno seguito in auto. Quando lo avvicinano pronuncia le sue ultime parole, "Vi aspettavo", prima di morire. Al funerale sono presenti tutti i bambini della parrocchia, che lasciano un pensiero per lui sopra la bara.